日本工科系统约有340个学科，是所有专业学科里最多最广泛的系统。工科的学生毕业后无论留在日本或者回国，就业的机会都是最多最宽泛的。同时，部分大学和大型企业都有联系，日本的大型企业，如索尼，NTT，TOYOTA等，都会为一些大学院的学生提供奖学金，毕业的时候导师也会推荐学生到这些企业就职。这样的大学院毕业生，不仅在日本，在全世界都是炙手可热的人才。
东京大学（帝国大学，亚洲排名第一）
东京都文京区，工学系是东京大学最庞大的一个研究科，几乎覆盖了所有的工程学科。理工科为内诺制。
工学系研究科：电气工学，机械工学，精密工学，材料工学，生物工程等。
推荐理由：是工科学生的首选，目前有105个国家共计2300多名留学生，生活学习便利，就业方便。
京都大学（帝国大学，日本排名第二）
京都市左京区，申请较为复杂，首先要经过AAO审查合格后，才有资格联系教授，需预留出足够时间申请。
工学研究科：机械理工学，材料工学，电气工学，电子工学等。
推荐理由：物价水平相对京阪神地区的其他两个城市会便宜一些，生活便利舒适，打工方便，古都环境优美，就业率高，工学研究科实力非常强。
大阪大学（帝国大学）
大阪府吹田市，文科几乎需要赴日考试或面试，理工科不需要。
工学研究科：生命先端工学专攻；机能创成工学专攻，机械工学专攻，电气电子情报工学专攻等。
推荐理由：工业城市，是日本的第二大城市，交通、生活便利。
