现在有7个系，8个研究生院，19处教育科研设施。本科学生总人数为8000多名，研究生(硕士和博士)总人数为2000名。
熊本大学研究科
教育学研究科：学校教育、特殊支援教育、教科教育(国语教育、社会科教育、数学教育、理科教育、音乐教育、美术教育、保健体育、技术教育、家政教育、英语教育)、保健教育;
社会文化科学研究科：公共政策学、法学、现代社会人类学、文化学、教授系统学;
自然科学研究科：理学、复合新领域科学、信息电气电子工学、物质生命化学、唯物工学、机械系统工学、社会环境工学、建筑学;
医学教育研究部：医科学;
药学教育部：新药开发与生命药科学;
生命科学研究部：综合医药科学部门、尖端生命医疗科学部门、环境社会医学;
保健学教育部：保健学。
