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东京理科大学已经同18个国家的40所大学、2个机构以及1个国际协会签订了学术交流协议，其中包括中国的北京科技大学、南京理工大学、浙江大学、中国石油大学、上海交通大学、天津大学、西北工业大学和新疆大学等。
在研究机构方面，东京理科大学设有信息科学研究机构、综合研究所和生命科学研究所等，此外还设有七个研究中心，分别是：计算机科学研究中心、信息媒体中心、高机能新素材合成解析中心、电子激光研究中心、尖端材料研究中心、基因组及药品研究中心、纳米科学技术研究中心。
