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东京理科大学共设有8个学部本科和11个大学院研究科。本科中的理学部第二部和工学部第二部主要面向社会人士，理学部第二部是唯一开放的夜间学部。此外，还设有供大学毕业者夜间学习的理学专攻科，提供理学研究方面的指导。
学部本科课程设置
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理学部第一部 |
数学科、数理情报科学科、物理学科、应用物理学科、化学科、应用化学科 |
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工学部第一部 |
建筑学科、工业化学科、电气工学科、经营工学科、机械工学科。（注：2016年4月起改称为工学部，经营工学科改组为工学部情报工学科） |
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药学部 |
药学科、生命创药科学科。（注：药学科为6年制、生命创药科学科为4年制） |
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理工学部 |
数学科、物理学科、情报科学科、应用生物科学科、建筑学科、工业化学科、电气电子情报工学科、经营工学科、机械工学科、土木工学科 |
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基础工学部 |
电子应用工学科、材料工学科、生物工学科 |
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经营学部 |
经营学科（2016年4月起新增商务经济学学科） |
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理学部第二部 |
数学科、物理学科、化学科 |
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工学部第二部 |
建筑学科、电气工学科、经营工学科。（注：2016年4月起停止招生，现有学生全员毕业后工学部第二部废除） |
研究科课程设置
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理学研究科 |
数学专攻、物理学专攻、数理情报科学专攻、应用物理学专攻 |
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工学研究科 |
建筑学专攻、电气工学专攻、经营工学专攻、机械工学专攻 |
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综合化学研究科 |
综合化学专攻 |
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科学教育研究科 |
科学教育专攻 |
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药学研究科 |
药学专攻 |
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理工研究科 |
数学专攻、物理学专攻、情报科学专攻、应用生物科学专攻、建筑学专攻、电气工学专攻、经营工学专攻、机械工学专攻、土木工学专攻 |
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基础工学研究科 |
电子应用工学专攻、材料工学专攻、生物工学专攻 |
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经营学研究科 |
经营学专攻 |
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生命科学研究科 |
生命科学专攻 |
| 国际火灾科学研究科 | 火灾科学专攻 |
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创新研究科 |
技术经营专攻(MOT)、知识产权战略专攻(MIP)、创新专攻(INS)（注：MOT与MIP为专门职学位课程，INS为博士后期课程） |
