截至2012年2月，北海道大学下设18个研究生院，设有72个学科。
| 研究生院 | 学科设置 |
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文学研究生院 |
思想文化学、历史地域文化学、语言文学、人类系统科学 |
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法学研究生院 |
法学政治学 |
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经济学研究生院 |
现代经济经营、会计信息 |
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医学研究生院 |
生理学、病理学、社会医学、内科学、外科学、专业医学、合作医学 |
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口腔学研究生院 |
口腔机能学、口腔健康科学、口腔病理学、颚机能医疗学 |
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工学研究生院 |
应用物理学、生物机能高分子、材料科学、机械宇宙工学、能源环境系统、量子理工学、环境工学、建筑城市空间设计、环境循环系统等 |
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兽医学研究生院 |
比较形态机能学、动物疾病控制学、诊断治疗学、环境兽医科学等 |
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信息科学研究生院 |
复合信息学、电脑科学、信息电子学、媒体网络、系统信息科学等 |
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水产研究生院 |
海洋生物资源科学、海洋应用生命科学 |
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环境科学研究生院 |
环境科学、地球圈科学、生物圈科学、环境物质科学 |
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理学研究生院 |
数学、化学、量子理学、宇宙理学、自然史科学、生命理学 |
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农学研究生院 |
共生基础学、生物资源科学、应用生物科学、环境资源学 |
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生命科学研究生院 |
生命信息分子学、生命系统科学、生命医药科学 |
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教育学研究生院 |
学校系统开发论、教育社会计划论、发育教育临床论、健康体育教育论、国际多元文化教育论 |
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国际传媒与观光研究生院 |
国际传媒、语言传播论、观光创造 |
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保健科学研究生院 |
保健科学、保健科学、看护学 |
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公共政策学研究生院 |
公共经营、国际政策、技术政策 |
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综合化学研究生院 |
分子化学、物质化学、生物化学 |
（表格内容资料来源：2015年2月中华人民共和国教育部考试中心官网）
