1981年，德间书店新创刊的动画杂志《Animage》的总编铃木敏夫想要制作动画人员访问专辑，本来是打算访问高田勋，但被其拒绝，最终成为宫崎骏的访问专辑。
在铃木敏夫和德间书店牵头下，宫崎骏开始创作属于自己的动画。剧场版动画《风之谷的娜乌西卡》的企划，最初由于没有原作被打回，于是1982年宫崎骏在《Animage》上面连载其漫画。致密的作画，深刻而多重的反思，使得这部断断续续连载的漫画史诗达到相当大的成就。而宫崎完成制作《名侦探福尔摩斯》相关的工作后，离开东京Movie新社为新作做准备。
1983年，从太阳王子时代就一起合作的人们再次集合起来，《风之谷》的动画开始制作。宫崎骏一人担任导演、脚本、分镜表的全部工作。由于从最底层一直干到最上层，宫崎骏有着主导从故事到作画，动画大部分工作的能力。电影最后变成了宗教般的结尾，虽然制作者觉得不大满意，但是在放映时却意外的非常让人感动。在该作的成功背景下，1985年在德间书店的投资下，宫崎骏联合高田勋共同创办了吉卜力工作室，该名字来自二战时候意大利的一款侦察机，意思是“撒哈拉沙漠的热风”，由于宫崎骏父亲曾经是飞机制造厂工作，从小宫崎骏就对飞行和天空充满着向往，这也是吉卜力的由来之一。也正因为这个宫崎骏在日后的许多作品中始终贯穿着天空场景和各式各样飞行器的刻画。宫崎监督此间的作品则是绘本修那之旅。
随着新动画天空之城开始制作，漫画风之谷休刊。之后《风之谷》也一直随着Ghibli动画的制作而断断续续的休刊和再开，一直到1994年为止。《天空之城》也仍然是宫崎监督的个人表演。宫崎监督的富于动作和戏剧张力，充满真实触感和细节的幻想世界风格得到了完全发挥。
1988年宫崎监督的《龙猫》和高田勋监督的《萤火虫之墓》同时放映。尽管后者得到了文艺界的广泛赞扬，也感动了无数观众，但是前者才是Ghibli一直最为人气的作品之一。而Ghibli之后也形成了两位监督轮流制作动画电影的体制。
1989年，《魔女宅急便》公映。宫崎骏导演首次挑战少女成长的题材。完成了风之谷动画后，跑到岳父家的山中小屋度夏的时候闲极无聊阅读了高桥千鹤的《混凝土的坡道上》，和晚辈的小女孩们一起阅读的经历让他职业性的想到了改编少女漫画成为动画的可能性。本来宫崎监督就是女性至上主义者的一种，以当代少女为主角的电影发想就此形成。
1992年，《红猪》公映。喜爱兵器的美丽却讨厌战争的宫崎监督在兵器模型杂志连载一些短篇漫画，这个作品即为其中之一改编。
1995年的《侧耳倾听》由A-pro时代就认识的近藤喜文监督，但是脚本、分镜仍然是宫崎骏担纲。
1994年连载十年的漫画《风之谷》也终于完结。不得不承认，1994年的同名动画的成功和当时的环保思想不无关系。而这个作品在连载中见证了宫崎骏导演想法的不断变化和反思。动画以来的想法不断被推翻否定，认为宫崎监督思想是简单的环保的人应该仔细读一下这个作品。
1995年，被认为是GHIBLI的实验剧场的《OnYourMark》、由恰克与飞鸟的歌曲制作的短篇作品在“SuperBest3”放映。讲述了在被放射能污染的世界，两个青年把有翅膀的少女送上蓝天的故事。但宫崎骏想要表现的并不是“拯救”，而是“自己的希望”，这是最能触动人心的东西。
休整之后，宫崎导演开始制作称得上总结性的《幽灵公主》。吉卜力工作室的作品中，一般而言，宫崎骏导演的作品更为活泼明了和带有幻想色彩，更受观众欢迎。而他的作品也往往是当年国产电影票房的前三名以内。这部作品由于场面宏大，制作精美，加上宫崎导演隐退数年后复出的号召，还有这次前所未有的广告宣传，使得票房创造了日本电影的历史。
《幽灵公主》回应和总结了《风之谷》以来宫崎导演思想的变化，本来这应该就是宫崎骏导演的一个完美的句号，不过两件事情却打乱了计划。第一是被作为接班人培养的近藤喜文导演过劳而死，第二是高田勋导演《MyNeighborsTheYamadas》（中文译名：《我的邻居山田君》）票房的失败，影片亏损数十亿日元。
高田勋导演黯然退隐，宫崎骏只有再次出山。由于幽灵公主的票房再次被《泰坦尼克号》超越，这次的口号就是再夺第一。
2001年，《千与千寻》上映。该作再次拿下总票房第一，超过300亿日元的票房创造了历史。而此时，日本动画的年度经济总额才5000亿日元，而一般年度票房首位的作品往往不到30亿。强大的宣传攻势，甚至动用到了首相来为首映捧场。宫崎骏的成功开始得到国际的承认，作品得到奥斯卡、威尼斯、柏林等国际电影奖项。
《千与千寻》叙述了千寻的一个生活小片段，讲述她在面对困难时，如何逐渐释放自己的潜能，克服困境。这正是宫崎骏要观众明白的。宫崎骏自己也认为这是一部有别于他以往其他故事的影片，以往，他笔下的主角都是他所喜爱的，但这次宫崎骏刻意将千寻塑造成一个平凡的人物，一个毫不起眼的典型十岁日本女孩，其目的就在于要让每个十岁女孩都从千寻身上看到自己。她不是一个漂亮的女孩儿，也没有特别吸引之处，而她那怯懦的性格，没精打采的神态，更是惹人生厌。最初创造这角色时，宫崎骏还曾有点替她忧心，但到故事将近完结时，他却深信千寻会成为一个讨人喜欢的角色。
2002年新手接手的《猫的报恩》的票房的不如意，让宫崎导演再次出手。2004年《哈尔的移动城堡》的票房估计接近《幽灵公主》，但无法达到千与千寻的程度。
吉卜力工作室2005年4月脱离德间书店，成为独立公司，并由铃木敏夫出任代表取缔役社长，宫崎骏与史提芬·艾伯特出任公司的董事。宫崎骏作品的版权及所有权也移转至吉卜力工作室。
2008年《悬崖上的金鱼姬》上映，获得广大好评。故事围绕一个5岁的男孩宗介与想要成为人类的金鱼公主“波妞”，宫崎骏说这个想法是从丹麦作家安徒生的著名童话故事《美人鱼》中得到的灵感。经过种种世事之后，他在全球动画界无可替代的地位再一次得到了肯定和承认宣布退休
代念声明
宫崎骏导演作品一览
2013年9月1日，第70届威尼斯国际电影节主竞赛单元入围影片[4] 《起风了》在丽都岛举行了首映仪式，该片配音演员泷本美织以及宫崎骏吉卜力工作室主席星野康二出席了新闻发布会，导演宫崎骏先生因为身体抱恙，并未亲自出席。
在发布会的结尾，吉卜力工作室主席星野康二代表宫崎骏念读了一份声明，“我代表宫崎骏先生宣布，宫崎骏将于下周在日本东京召开新闻发布会，正式宣布退休一事。他想在这里跟大家说再见。”星野康二话音刚落，媒体室便响起了一阵掌声向这位高龄艺术家表示了致意。
2013年9月6日下午，日本动画巨匠宫崎骏的引退记者会召开，宫崎骏表示这次引退“来真的了”。
在记者会上，宫崎骏坦言虽然自己之前数次宣布引退，又食言复出，但这次是认真的：“估计会有人说怎么又来了，但这次是认真的。因为是必须充分休息的时候了。我的长篇动画时代已经结束了。”
对于外界的挽留，宫崎骏称他的每部动画作品都要花5年才能完成，他本人自觉年事已高，未来可能没有多少个“5年”可以完成作品，才下决心退休。同时，他也没有再制作短片动画的计划。宫崎骏还强调，虽然不再制作动画电影，不过他考虑再工作十年，担任美术馆馆长致力于展览等工作。
宣布退休的著名导演宫崎骏之后出现在东京一家心血管专科医院。宫崎骏不止一次到此医院，而他退休的原因之一就是患上心脏病。宫崎骏常感到胸口不适，医生诊断极有可能是心绞痛。心绞痛会引起心肌梗塞，一般需要患者进行减肥、禁烟等减轻心脏负担的行动，必要时可能需要手术。
